- Ocena:
- Bądź pierwszym, który oceni tę książkę
- Stron:
- 456
- Dostępne formaty:
-
ePubMobi
Opis ebooka: Mastering Python for Bioinformatics
Life scientists today urgently need training in bioinformatics skills. Too many bioinformatics programs are poorly written and barely maintained, usually by students and researchers who've never learned basic programming skills. This practical guide shows postdoc bioinformatics professionals and students how to exploit the best parts of Python to solve problems in biology while creating documented, tested, reproducible software.
Ken Youens-Clark, author of Tiny Python Projects (Manning), demonstrates not only how to write effective Python code but also how to use tests to write and refactor scientific programs. You'll learn the latest Python features and tools including linters, formatters, type checkers, and tests to create documented and tested programs. You'll also tackle 14 challenges in Rosalind, a problem-solving platform for learning bioinformatics and programming.
- Create command-line Python programs to document and validate parameters
- Write tests to verify refactor programs and confirm they're correct
- Address bioinformatics ideas using Python data structures and modules such as Biopython
- Create reproducible shortcuts and workflows using makefiles
- Parse essential bioinformatics file formats such as FASTA and FASTQ
- Find patterns of text using regular expressions
- Use higher-order functions in Python like filter(), map(), and reduce()
Wybrane bestsellery
-
Updated in 2024: A new version has been released that simplifies the programs used in the book, based on changes in the Rust language and crates since original publication. The code has been updated to reflect version 4 of the clap crate. For several consecutive years, Rust has been voted "most l...(186.98 zł najniższa cena z 30 dni)
186.78 zł
239.00 zł(-22%) -
Dzięki tej książce dowiesz się, jak pozyskiwać, analizować i wizualizować dane, a potem używać ich do rozwiązywania problemów biznesowych. Wystarczy, że znasz podstawy Pythona i matematyki na poziomie liceum, aby zacząć stosować naukę o danych w codziennej pracy. Znajdziesz tu szereg praktycznych...(41.40 zł najniższa cena z 30 dni)
41.40 zł
69.00 zł(-40%) -
Ta książka wyjaśni Ci rolę matematyki w tworzeniu, renderowaniu i zmienianiu wirtualnych środowisk 3D, a ponadto pozwoli odkryć tajemnice najpopularniejszych dzisiaj silników gier. Za sprawą licznych praktycznych ćwiczeń zorientujesz się, co się kryje za rysowaniem linii i kształtów graficznych, ...(53.40 zł najniższa cena z 30 dni)
53.40 zł
89.00 zł(-40%) -
Oto zaktualizowane wydanie popularnego przewodnika, dzięki któremu skorzystasz z ponad dwustu sprawdzonych receptur bazujących na najnowszych wydaniach bibliotek Pythona. Wystarczy, że skopiujesz i dostosujesz kod do swoich potrzeb. Możesz też go uruchamiać i testować za pomocą przykładowego zbio...(53.40 zł najniższa cena z 30 dni)
53.40 zł
89.00 zł(-40%) -
Dzięki tej książce zrozumiesz, że w rekurencji nie kryje się żadna magia. Dowiesz się, na czym polega jej działanie i kiedy warto zastosować algorytm rekursywny, a kiedy lepiej tego nie robić. Poznasz szereg klasycznych i mniej znanych algorytmów rekurencyjnych. Pracę z zawartym tu materiałem uła...(47.40 zł najniższa cena z 30 dni)
47.40 zł
79.00 zł(-40%) -
Fachowcy z branży IT, by dobrze wykonywać swoją pracę, muszą w niej zwykle używać od kilku do kilkunastu narzędzi. Z drugiej strony nikt nie jest w stanie dobrze poznać nawet wycinka wszystkich technologii, języków programowania czy aplikacji, które powstają każdego roku. Czy wśród tego bogactwa,...(99.49 zł najniższa cena z 30 dni)
79.59 zł
199.00 zł(-60%) -
Ta książka jest przeznaczona dla każdego, kto choć trochę zna Pythona i chce nauczyć się uczenia maszynowego. Zagadnienia matematyczne zostały tu zaprezentowane w minimalnym stopniu, za to więcej uwagi poświęcono koncepcjom, na których oparto najważniejsze i najczęściej używane narzędzia oraz tec...(59.40 zł najniższa cena z 30 dni)
59.40 zł
99.00 zł(-40%) -
Python to jeden z najpopularniejszych dynamicznych języków programowania. Nie od dziś znajduje on zastosowanie w różnych dziedzinach informatyki, zwłaszcza jako doskonały język skryptowy. Jeśli korzystasz z niego na co dzień i chcesz szybko wyszukiwać niezbędne informacje lub odświeżyć swoją wied...(8.49 zł najniższa cena z 30 dni)
8.49 zł
17.00 zł(-50%)
Ebooka "Mastering Python for Bioinformatics" przeczytasz na:
-
czytnikach Inkbook, Kindle, Pocketbook, Onyx Boox i innych
-
systemach Windows, MacOS i innych
-
systemach Windows, Android, iOS, HarmonyOS
-
na dowolnych urządzeniach i aplikacjach obsługujących formaty: PDF, EPub, Mobi
Masz pytania? Zajrzyj do zakładki Pomoc »
Audiobooka "Mastering Python for Bioinformatics" posłuchasz:
-
w aplikacji Ebookpoint na Android, iOS, HarmonyOs
-
na systemach Windows, MacOS i innych
-
na dowolnych urządzeniach i aplikacjach obsługujących format MP3 (pliki spakowane w ZIP)
Masz pytania? Zajrzyj do zakładki Pomoc »
Kurs Video "Mastering Python for Bioinformatics" zobaczysz:
-
w aplikacjach Ebookpoint i Videopoint na Android, iOS, HarmonyOs
-
na systemach Windows, MacOS i innych z dostępem do najnowszej wersji Twojej przeglądarki internetowej
Szczegóły ebooka
- ISBN Ebooka:
- 978-10-981-0083-4, 9781098100834
- Data wydania ebooka:
- 2021-05-05 Data wydania ebooka często jest dniem wprowadzenia tytułu do sprzedaży i może nie być równoznaczna z datą wydania książki papierowej. Dodatkowe informacje możesz znaleźć w darmowym fragmencie. Jeśli masz wątpliwości skontaktuj się z nami sklep@ebookpoint.pl.
- Język publikacji:
- angielski
- Rozmiar pliku ePub:
- 4.9MB
- Rozmiar pliku Mobi:
- 9.4MB
Spis treści ebooka
- Preface
- Who Should Read This?
- Programming Style: Why I Avoid OOP and Exceptions
- Structure
- Test-Driven Development
- Using the Command Line and Installing Python
- Getting the Code and Tests
- Installing Modules
- Installing the new.py Program
- Why Did I Write This Book?
- Conventions Used in This Book
- Using Code Examples
- OReilly Online Learning
- How to Contact Us
- Acknowledgments
- I. The Rosalind.info Challenges
- 1. Tetranucleotide Frequency: Counting Things
- Getting Started
- Creating the Program Using new.py
- Using argparse
- Tools for Finding Errors in the Code
- Introducing Named Tuples
- Adding Types to Named Tuples
- Representing the Arguments with a NamedTuple
- Reading Input from the Command Line or a File
- Testing Your Program
- Running the Program to Test the Output
- Getting Started
- Solution 1: Iterating and Counting the Characters in a String
- Counting the Nucleotides
- Writing and Verifying a Solution
- Additional Solutions
- Solution 2: Creating a count() Function and Adding a Unit Test
- Solution 3: Using str.count()
- Solution 4: Using a Dictionary to Count All the Characters
- Solution 5: Counting Only the Desired Bases
- Solution 6: Using collections.defaultdict()
- Solution 7: Using collections.Counter()
- Going Further
- Review
- 2. Transcribing DNA into mRNA: Mutating Strings, Reading and Writing Files
- Getting Started
- Defining the Programs Parameters
- Defining an Optional Parameter
- Defining One or More Required Positional Parameters
- Using nargs to Define the Number of Arguments
- Using argparse.FileType() to Validate File Arguments
- Defining the Args Class
- Outlining the Program Using Pseudocode
- Iterating the Input Files
- Creating the Output Filenames
- Opening the Output Files
- Writing the Output Sequences
- Printing the Status Report
- Using the Test Suite
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using str.replace()
- Solution 2: Using re.sub()
- Benchmarking
- Going Further
- Review
- 3. Reverse Complement of DNA: String Manipulation
- Getting Started
- Iterating Over a Reversed String
- Creating a Decision Tree
- Refactoring
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using a for Loop and Decision Tree
- Solution 2: Using a Dictionary Lookup
- Solution 3: Using a List Comprehension
- Solution 4: Using str.translate()
- Solution 5: Using Bio.Seq
- Review
- 4. Creating the Fibonacci Sequence: Writing, Testing, and Benchmarking Algorithms
- Getting Started
- An Imperative Approach
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: An Imperative Solution Using a List as a Stack
- Solution 2: Creating a Generator Function
- Solution 3: Using Recursion and Memoization
- Benchmarking the Solutions
- Testing the Good, the Bad, and the Ugly
- Running the Test Suite on All the Solutions
- Going Further
- Review
- 5. Computing GC Content: Parsing FASTA and Analyzing Sequences
- Getting Started
- Get Parsing FASTA Using Biopython
- Iterating the Sequences Using a for Loop
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using a List
- Solution 2: Type Annotations and Unit Tests
- Solution 3: Keeping a Running Max Variable
- Solution 4: Using a List Comprehension with a Guard
- Solution 5: Using the filter() Function
- Solution 6: Using the map() Function and Summing Booleans
- Solution 7: Using Regular Expressions to Find Patterns
- Solution 8: A More Complex find_gc() Function
- Benchmarking
- Going Further
- Review
- 6. Finding the Hamming Distance: Counting Point Mutations
- Getting Started
- Iterating the Characters of Two Strings
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Iterating and Counting
- Solution 2: Creating a Unit Test
- Solution 3: Using the zip() Function
- Solution 4: Using the zip_longest() Function
- Solution 5: Using a List Comprehension
- Solution 6: Using the filter() Function
- Solution 7: Using the map() Function with zip_longest()
- Solution 8: Using the starmap() and operator.ne() Functions
- Going Further
- Review
- 7. Translating mRNA into Protein: More Functional Programming
- Getting Started
- K-mers and Codons
- Translating Codons
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using a for Loop
- Solution 2: Adding Unit Tests
- Solution 3: Another Function and a List Comprehension
- Solution 4: Functional Programming with the map(), partial(), and takewhile() Functions
- Solution 5: Using Bio.Seq.translate()
- Benchmarking
- Going Further
- Review
- 8. Find a Motif in DNA: Exploring Sequence Similarity
- Getting Started
- Finding Subsequences
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using the str.find() Method
- Solution 2: Using the str.index() Method
- Solution 3: A Purely Functional Approach
- Solution 4: Using K-mers
- Solution 5: Finding Overlapping Patterns Using Regular Expressions
- Benchmarking
- Going Further
- Review
- 9. Overlap Graphs: Sequence Assembly Using Shared K-mers
- Getting Started
- Managing Runtime Messages with STDOUT, STDERR, and Logging
- Finding Overlaps
- Grouping Sequences by the Overlap
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using Set Intersections to Find Overlaps
- Solution 2: Using a Graph to Find All Paths
- Going Further
- Review
- 10. Finding the Longest Shared Subsequence: Finding K-mers, Writing Functions, and Using Binary Search
- Getting Started
- Finding the Shortest Sequence in a FASTA File
- Extracting K-mers from a Sequence
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Counting Frequencies of K-mers
- Solution 2: Speeding Things Up with a Binary Search
- Going Further
- Review
- 11. Finding a Protein Motif: Fetching Data and Using Regular Expressions
- Getting Started
- Downloading Sequences Files on the Command Line
- Downloading Sequences Files with Python
- Writing a Regular Expression to Find the Motif
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using a Regular Expression
- Solution 2: Writing a Manual Solution
- Going Further
- Review
- 12. Inferring mRNA from Protein: Products and Reductions of Lists
- Getting Started
- Creating the Product of Lists
- Avoiding Overflow with Modular Multiplication
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using a Dictionary for the RNA Codon Table
- Solution 2: Turn the Beat Around
- Solution 3: Encoding the Minimal Information
- Going Further
- Review
- 13. Location Restriction Sites: Using, Testing, and Sharing Code
- Getting Started
- Finding All Subsequences Using K-mers
- Finding All Reverse Complements
- Putting It All Together
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using the zip() and enumerate() Functions
- Solution 2: Using the operator.eq() Function
- Solution 3: Writing a revp() Function
- Testing the Program
- Going Further
- Review
- 14. Finding Open Reading Frames
- Getting Started
- Translating Proteins Inside Each Frame
- Finding the ORFs in a Protein Sequence
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Using the str.index() Function
- Solution 2: Using the str.partition() Function
- Solution 3: Using a Regular Expression
- Going Further
- Review
- II. Other Programs
- 15. Seqmagique: Creating and Formatting Reports
- Using Seqmagick to Analyze Sequence Files
- Checking Files Using MD5 Hashes
- Getting Started
- Formatting Text Tables Using tabulate()
- Solutions
- Solution 1: Formatting with tabulate()
- Solution 2: Formatting with rich
- Going Further
- Review
- 16. FASTX grep: Creating a Utility Program to Select Sequences
- Finding Lines in a File Using grep
- The Structure of a FASTQ Record
- Getting Started
- Guessing the File Format
- Solution
- Going Further
- Review
- 17. DNA Synthesizer: Creating Synthetic Data with Markov Chains
- Understanding Markov Chains
- Getting Started
- Understanding Random Seeds
- Reading the Training Files
- Generating the Sequences
- Structuring the Program
- Solution
- Going Further
- Review
- 18. FASTX Sampler: Randomly Subsampling Sequence Files
- Getting Started
- Reviewing the Program Parameters
- Defining the Parameters
- Nondeterministic Sampling
- Structuring the Program
- Getting Started
- Solutions
- Solution 1: Reading Regular Files
- Solution 2: Reading a Large Number of Compressed Files
- Going Further
- Review
- 19. Blastomatic: Parsing Delimited Text Files
- Introduction to BLAST
- Using csvkit and csvchk
- Getting Started
- Defining the Arguments
- Parsing Delimited Text Files Using the csv Module
- Parsing Delimited Text Files Using the pandas Module
- Solutions
- Solution 1: Manually Joining the Tables Using Dictionaries
- Solution 2: Writing the Output File with csv.DictWriter()
- Solution 3: Reading and Writing Files Using pandas
- Solution 4: Joining Files Using pandas
- Going Further
- Review
- A. Documenting Commands and Creating Workflows with make
- Makefiles Are Recipes
- Running a Specific Target
- Running with No Target
- Makefiles Create DAGs
- Using make to Compile a C Program
- Using make for a Shortcut
- Defining Variables
- Writing a Workflow
- Other Workflow Managers
- Further Reading
- B. Understanding $PATH and Installing Command-Line Programs
- Epilogue
- Index
O'Reilly Media - inne książki
-
This concise yet comprehensive guide explains how to adopt a data lakehouse architecture to implement modern data platforms. It reviews the design considerations, challenges, and best practices for implementing a lakehouse and provides key insights into the ways that using a lakehouse can impact ...(193.69 zł najniższa cena z 30 dni)
193.19 zł
249.00 zł(-22%) -
In today's fast-paced world, more and more organizations require rapid application development with reduced development costs and increased productivity. This practical guide shows application developers how to use PowerApps, Microsoft's no-code/low-code application framework that helps developer...(162.47 zł najniższa cena z 30 dni)
162.27 zł
209.00 zł(-22%) -
Welcome to the systems age, where software professionals are no longer building software&emdash;we're building systems of software. Change is continuously deployed across software ecosystems coordinated by responsive infrastructure. In this world of increasing relational complexity, we need t...(152.21 zł najniższa cena z 30 dni)
152.01 zł
209.00 zł(-27%) -
This book provides an ideal guide for Python developers who want to learn how to build applications with large language models. Authors Olivier Caelen and Marie-Alice Blete cover the main features and benefits of GPT-4 and GPT-3.5 models and explain how they work. You'll also get a step-by-step g...(155.41 zł najniższa cena z 30 dni)
155.36 zł
209.00 zł(-26%) -
In today's cloud native world, where we automate as much as possible, everything is code. With this practical guide, you'll learn how Policy as Code (PaC) provides the means to manage the policies, related data, and responses to events that occur within the systems we maintain—Kubernetes, c...(212.59 zł najniższa cena z 30 dni)
212.39 zł
279.00 zł(-24%) -
Geared to intermediate- to advanced-level DBAs and IT professionals looking to enhance their MySQL skills, this guide provides a comprehensive overview on how to manage and optimize MySQL databases. You'll learn how to create databases and implement backup and recovery, security configurations, h...(221.43 zł najniższa cena z 30 dni)
221.33 zł
279.00 zł(-21%) -
Get the details, examples, and best practices you need to build generative AI applications, services, and solutions using the power of Azure OpenAI Service. With this comprehensive guide, Microsoft AI specialist Adrián González Sánchez examines the integration and utilization of Az...(162.23 zł najniższa cena z 30 dni)
162.18 zł
209.00 zł(-22%) -
Despite the increase of high-profile hacks, record-breaking data leaks, and ransomware attacks, many organizations don't have the budget for an information security (InfoSec) program. If you're forced to protect yourself by improvising on the job, this pragmatic guide provides a security-101 hand...(214.77 zł najniższa cena z 30 dni)
214.57 zł
239.00 zł(-10%) -
Keeping up with the Python ecosystem can be daunting. Its developer tooling doesn't provide the out-of-the-box experience native to languages like Rust and Go. When it comes to long-term project maintenance or collaborating with others, every Python project faces the same problem: how to build re...(189.29 zł najniższa cena z 30 dni)
188.79 zł
239.00 zł(-21%) -
Bringing a deep-learning project into production at scale is quite challenging. To successfully scale your project, a foundational understanding of full stack deep learning, including the knowledge that lies at the intersection of hardware, software, data, and algorithms, is required.This book il...(227.19 zł najniższa cena z 30 dni)
227.14 zł
279.00 zł(-19%)
Dzieki opcji "Druk na żądanie" do sprzedaży wracają tytuły Grupy Helion, które cieszyły sie dużym zainteresowaniem, a których nakład został wyprzedany.
Dla naszych Czytelników wydrukowaliśmy dodatkową pulę egzemplarzy w technice druku cyfrowego.
Co powinieneś wiedzieć o usłudze "Druk na żądanie":
- usługa obejmuje tylko widoczną poniżej listę tytułów, którą na bieżąco aktualizujemy;
- cena książki może być wyższa od początkowej ceny detalicznej, co jest spowodowane kosztami druku cyfrowego (wyższymi niż koszty tradycyjnego druku offsetowego). Obowiązująca cena jest zawsze podawana na stronie WWW książki;
- zawartość książki wraz z dodatkami (płyta CD, DVD) odpowiada jej pierwotnemu wydaniu i jest w pełni komplementarna;
- usługa nie obejmuje książek w kolorze.
Masz pytanie o konkretny tytuł? Napisz do nas: sklep[at]helion.pl.
Książka, którą chcesz zamówić pochodzi z końcówki nakładu. Oznacza to, że mogą się pojawić drobne defekty (otarcia, rysy, zagięcia).
Co powinieneś wiedzieć o usłudze "Końcówka nakładu":
- usługa obejmuje tylko książki oznaczone tagiem "Końcówka nakładu";
- wady o których mowa powyżej nie podlegają reklamacji;
Masz pytanie o konkretny tytuł? Napisz do nas: sklep[at]helion.pl.
Książka drukowana
Oceny i opinie klientów: Mastering Python for Bioinformatics Ken Youens-Clark (0) Weryfikacja opinii następuję na podstawie historii zamówień na koncie Użytkownika umieszczającego opinię. Użytkownik mógł otrzymać punkty za opublikowanie opinii uprawniające do uzyskania rabatu w ramach Programu Punktowego.