Mikrobiologia Jadwiga Baj

Spis treści książki

• Przedmowa
• Najważniejsze stosowane skróty
• 1. Wprowadzenie
  • 1.1. Krótki zarys historii mikrobiologii
    • 1.1.1. Początki
    • 1.1.2. Rozwój mikrobiologii medycznej
    • 1.1.3. Udoskonalanie mikrobiologicznych metod badawczych
    • 1.1.4. Poznawanie różnorodności bakterii
    • 1.1.5. Odkrycie wirusów
    • 1.1.6. Próby klasyfikacji bakterii
  • 1.2. Ogólna charakterystyka mikroorganizmów
  • 1.3. Carl Woese i trzy domeny świata żywego
  • 1.4. Systematyka prokariotów
    • 1.4.1. Nazewnictwo prokariotów
    • 1.4.2. System klasyfikacji prokariotów
    • 1.4.3. Gatunek, podgatunek i odmiana u prokariotów
  • 1.5. Charakterystyka domen prokariotycznych
    • 1.5.1. Domena Bacteria
    • 1.5.2. Domena Archaea
• 2. Budowa i funkcjonowanie komórek prokariotycznych
  • 2.1. Wielkość i morfologia komórek prokariotycznych oraz tworzone przez nie układy
  • 2.2. Ogólna budowa komórki prokariotycznej
  • 2.3. Cytoplazma, nukleoid i rybosomy
  • 2.4. Ziarnistości stanowiące materiały zapasowe
    • 2.4.1. Granule wielocukrowe
    • 2.4.2. Polihydroksymaślan i inne polihydroksyalkaniany
    • 2.4.3. Cyjanoficyna
    • 2.4.4. Lipidy
    • 2.4.5. Polifosforany
    • 2.4.6. Krople siarki
  • 2.5. Inne struktury występujące w cytoplazmie
    • 2.5.1. Magnetosomy
    • 2.5.2. Bakteryjne mikroprzedziały
    • 2.5.3. Pęcherzyki gazowe
    • 2.5.4. Węglany
  • 2.6. Błona komórkowa prokariotów
    • 2.6.1. Budowa błony komórkowej bakterii
    • 2.6.2. Błony wewnątrzcytoplazmatyczne bakterii
    • 2.6.3. Błona komórkowa archeonów
    • 2.6.4. Funkcje błony komórkowej
    • 2.6.5. Transport przez błonę komórkową
  • 2.7. Ściana komórkowa bakterii
    • 2.7.1. Budowa peptydoglikanu
    • 2.7.2. Biosynteza peptydoglikanu
    • 2.7.3. Ściana komórkowa bakterii gramdodatnich
    • 2.7.4. Ściana komórkowa bakterii gramujemnych
    • 2.7.5. Barwienie metodą Grama
    • 2.7.6. Ściany komórkowe archeonów
  • 2.8. Warstwa S archeonów i bakterii
  • 2.9. Otoczki i pochewki
    • 2.9.1. Rola otoczek
    • 2.9.2. Pochewki
  • 2.10. Sekrecja
    • 2.10.1. Przenoszenie białek do błony cytoplazmatycznej i przestrzeni peryplazmatycznej
    • 2.10.2. Przenoszenie białek przez dwie lub trzy błony
  • 2.11. Pęcherzyki błonowe i nanorurki
    • 2.11.1. Pęcherzyki błonowe
    • 2.11.2. Nanorurki
  • 2.12. Fimbrie, pilusy i włókienka amyloidowe
  • 2.13. Ruch prokariotów
    • 2.13.1. Ruch rzęskowy bakterii
    • 2.13.2. Inne sposoby poruszania się bakterii
    • 2.13.3. Struktury powierzchniowe archeonów
  • 2.14. Chemotaksja bakterii
• 3. Metabolizm prokariotów
  • 3.1. Ogólna charakterystyka metabolizmu
    • 3.1.1. Enzymy
    • 3.1.2. Wymagania pokarmowe prokariotów
    • 3.1.3. Typy pokarmowe prokariotów
    • 3.1.4. Sposoby syntezy ATP
  • 3.2. Pierwiastki biogenne
    • 3.2.1. Źródła węgla
    • 3.2.2. Azot
    • 3.2.3. Siarka
    • 3.2.4. Fosfor
    • 3.2.5. Żelazo
    • 3.2.6. Czynniki wzrostowe
  • 3.3. Główne szlaki metaboliczne
    • 3.3.1. Główne szlaki katabolizmu cukrów
    • 3.3.2. Fermentacje, reakcja Sticklanda i szlak deiminazy argininowej
    • 3.3.3. -oksydacja kwasów tłuszczowych
    • 3.3.4. Cykl kwasów trikarboksylowych
    • 3.3.5. Cykl glioksalowy
  • 3.4. Metabolizm chemolitotrofów
    • 3.4.1. Nitryfikacja i anamoks
    • 3.4.2. Utlenianie siarki i jej związków nieorganicznych
    • 3.4.3. Metabolizm wodoru
    • 3.4.4. Utlenianie tlenku węgla
    • 3.4.5. Utlenianie żelaza
    • 3.4.6. Utlenianie innych związków nieorganicznych
  • 3.5. Metabolizm tlenowy i beztlenowy
    • 3.5.1. Tlen w metabolizmie prokariotów
    • 3.5.2. Oddychanie
    • 3.5.3. Oddychanie beztlenowe
    • 3.5.4. Międzygatunkowy transfer elektronów i wodoru oraz syntrofia
  • 3.6. Metabolizm fototrofów
    • 3.6.1. Ogólna charakterystyka bakterii fotosyntetyzujących
    • 3.6.2. Ogólna charakterystyka fotosyntezy
    • 3.6.3. Fotosynteza anoksygenna
    • 3.6.4. Fotosynteza oksygenna
    • 3.6.5. Inny sposób wykorzystania światła przez prokarioty
  • 3.7. Asymilacja dwutlenku węgla i związków C1
    • 3.7.1. Cykl Calvina
    • 3.7.2. Redukcyjny cykl kwasów trikarboksylowych
    • 3.7.3. Redukcyjny szlak acetylo-CoA (szlak WoodaLjungdahla)
    • 3.7.4. Podwójny cykl 3-hydroksypropionianu
    • 3.7.5. Asymilacja węgla u metylotrofów
• 4. Wzrost i cykle życiowe prokariotów
  • 4.1. Wzrost bakterii w hodowlach płynnych
    • 4.1.1. Hodowle okresowe
    • 4.1.2. Hodowle ciągłe i synchronizowane
  • 4.2. Wpływ czynników fizyko-chemicznych na wzrost prokariotów
    • 4.2.1. Wpływ temperatury
    • 4.2.2. Wpływ pH
    • 4.2.3. Wpływ ciśnienia osmotycznego (w tym zasolenia)
    • 4.2.4. Wpływ ciśnienia hydrostatycznego
    • 4.2.5. Wpływ tlenu i jego form reaktywnych
    • 4.2.6. Wpływ innych warunków środowiska
  • 4.3. Wzrost i rozmnażanie prokariotów
    • 4.3.1. Cytoszkielet bakterii i jego udział w podziale komórki
    • 4.3.2. Elementy cytoszkieletu i podział komórki archeonów
  • 4.4. Cykle życiowe bakterii
    • 4.4.1. Escherichia coli
    • 4.4.2. Hyphomicrobium (Proteobacteria) i Pirellula (Planctomycetes)
    • 4.4.3. Caulobacter crescentus i Sphaerotilus natans (Proteobacteria)
    • 4.4.4. Epulopiscium fishelsoni (Firmicutes)
    • 4.4.5. Bdellovibrio bacteriovorus (Proteobacteria)
    • 4.4.6. Dermocarpa (Cyanobacteria)
    • 4.4.7. Chlamydie
  • 4.5. Formy przetrwalnikowe bakterii
    • 4.5.1. Endospory (Firmicutes)
    • 4.5.2. Spory (konidia) promieniowców (Actinobacteria)
    • 4.5.3. Egzospory i cysty (Proteobacteria)
    • 4.5.4. Miksospory bakterii śluzowych (Proteobacteria)
    • 4.5.5. Akinety sinic nitkowatych (Cyanobacteria)
• 5. Udział prokariotów w funkcjonowaniu biosfery
  • 5.1. Mikroorganizmy a granice biosfery
  • 5.2. Podstawowe terminy i pojęcia stosowane w ekologii mikroorganizmów i mikrobiologii środowisk
    • 5.2.1. Relacje troficzne w ekosystemach
  • 5.3. Miejsca występowania prokariotów na Ziemi
    • 5.3.1. Gleby
    • 5.3.2. Wody
    • 5.3.3. Inne środowiska
  • 5.4. Formy występowania prokariotów w środowisku
    • 5.4.1. Konsorcja
    • 5.4.2. Maty mikroorganizmów
    • 5.4.3. Biofilmy
  • 5.5. Udział prokariotów w obiegu pierwiastków
    • 5.5.1. Udział prokariotów w obiegu węgla
    • 5.5.2. Udział prokariotów w obiegu azotu
    • 5.5.3. Udział prokariotów w obiegu siarki
    • 5.5.4. Udział prokariotów w obiegu żelaza i innych pierwiastków
  • 5.6. Oddziaływania prokariotów z innymi organizmami symbiozy
    • 5.6.1. Protokooperacja
    • 5.6.2. Komensalizm
    • 5.6.3. Mutualizm
    • 5.6.4. Współzawodnictwo i antagonizm
    • 5.6.5. Drapieżnictwo i pasożytnictwo
  • 5.7. Bakterie oddziałujące z organizmem człowieka
    • 5.7.1. Odporność wrodzona i odporność nabyta
    • 5.7.2. Mikrobiota człowieka
    • 5.7.3. Podstawowe terminy stosowane w mikrobiologii lekarskiej
    • 5.7.4. Czynniki wirulencji umożliwiające skuteczne działanie patogenów
    • 5.7.5. Toksyny bakteryjne
    • 5.7.6. Unikanie mechanizmów obronnych gospodarza przez patogeny
    • 5.7.7. Choroby bakteryjne i ich objawy
    • 5.7.8. Profilaktyka chorób zakaźnych szczepienia
    • 5.7.9. Leczenie chorób bakteryjnych chemioterapeutyki
  • 5.8. Symbiozy bakterii z roślinami
    • 5.8.1. Symbiozy korzystne dla roślin
    • 5.8.2. Symbiozy niekorzystne dla roślin
• 6. Genetyka prokariotów
  • 6.1. Organizacja genetyczna genomów prokariotycznych
    • 6.1.1. Budowa DNA
    • 6.1.2. Struktura chromosomów prokariotycznych
  • 6.2. Replikacja chromosomowego DNA
    • 6.2.1. Mechanizm replikacji chromosomu u bakterii
    • 6.2.2. Mechanizm replikacji chromosomu u archeonów
  • 6.3. Transkrypcja
    • 6.3.1. Geny i operony
    • 6.3.2. Rodzaje i funkcje RNA
    • 6.3.3. Mechanizm transkrypcji u bakterii
    • 6.3.4. Mechanizm transkrypcji u archeonów
  • 6.4. Translacja
    • 6.4.1. Kod genetyczny
    • 6.4.2. Rybosomy budowa i funkcja
    • 6.4.3. Mechanizm translacji u bakterii
    • 6.4.4. Mechanizm translacji u archeonów
    • 6.4.5. Potranslacyjna obróbka białek
  • 6.5. Regulacja ekspresji genów
    • 6.5.1. Kontrola pozytywna i negatywna aktywatory i represory
    • 6.5.2. Układy dwuskładnikowe
    • 6.5.3. Wyczuwanie liczebności
    • 6.5.4. Globalne systemy regulacji ekspresji genów
    • 6.5.5. Ryboregulacja
  • 6.6. Mutacje i naprawa DNA
    • 6.6.1. Typy mutacji i czynniki mutagenne
    • 6.6.2. Mechanizmy naprawy uszkodzeń DNA
    • 6.6.3. Regulon SOS
• 7. Zmienność prokariotów i horyzontalny transfer genów
  • 7.1. Czynniki wpływające na zmienność genomów bakteryjnych
  • 7.2. Rekombinacja homologiczna i nieuprawniona
    • 7.2.1. Rekombinacja homologiczna
    • 7.2.2. Rekombinacja zlokalizowana
    • 7.2.3. Transpozycja
  • 7.3. Ruchome elementy genetyczne bakterii
  • 7.4. Plazmidy
    • 7.4.1. Ogólna charakterystyka i klasyfikacja plazmidów
    • 7.4.2. Wpływ plazmidów na strukturę genomów bakteryjnych
    • 7.4.3. Replikacja plazmidów
    • 7.4.4. Stabilność plazmidów
    • 7.4.5. Transfer koniugacyjny plazmidów
  • 7.5. Elementy transpozycyjne
    • 7.5.1. Klasyfikacja i struktura genetyczna autonomicznych TE
    • 7.5.2. Wpływ transpozonów na strukturę genomów i zmienność bakterii
    • 7.5.3. Regulacja częstości transpozycji
  • 7.6. Inne grupy ruchomych elementów genetycznych
    • 7.6.1. Kaspozony
    • 7.6.2. Elementy integrujące z DNA
    • 7.6.3. Mobilne introny i inteiny
  • 7.7. Horyzontalny transfer genów
    • 7.7.1. Mechanizmy horyzontalnego transferu genów
    • 7.7.2. Bariery horyzontalnego transferu genów
    • 7.7.3. Ruchome elementy genetyczne i HGT u archeonów
• 8. Wirusy i inne niekomórkowe czynniki infekcyjne
  • 8.1. Ogólna charakterystyka wirusów
    • 8.1.1. Informacje wstępne
    • 8.1.2. Genomy wirusów
    • 8.1.3. Struktura cząstek wirusowych (wirionów)
    • 8.1.4. Oficjalna klasyfikacja wirusów
    • 8.1.5. Klasyfikacja wirusów według Baltimorea
    • 8.1.6. Rozprzestrzenianie się wirusów
    • 8.1.7. Zakres gospodarzy i tropizm wirusów
    • 8.1.8. Cykl replikacyjny wirusów
  • 8.2. Wirusy infekujące bakterie
    • 8.2.1. Charakterystyka bakteriofagów i ich cykle infekcyjne
    • 8.2.2. Wyścig zbrojeń między bateryjnymi gospodarzami a ich wirusami
    • 8.2.3. Archeowirusy
  • 8.3. Czynniki subwirusowe
    • 8.3.1. Wiroidy
    • 8.3.2. Satelity
    • 8.3.3. Priony
  • 8.4. Znaczenie wirusów
    • 8.4.1. Znaczenie ekologiczne wirusów
    • 8.4.2. Znaczenie ewolucyjne wirusów
    • 8.4.3. Wirusy jako czynniki chorobotwórcze
    • 8.4.4. Zastosowanie wirusów
• 9. Wykorzystanie drobnoustrojów prokariotycznych w przemyśle i ochronie środowiska
  • 9.1. Przemysłowe zastosowania mikroorganizmów
    • 9.1.1. Przemysł farmaceutyczny
    • 9.1.2. Przemysł spożywczy
    • 9.1.3. Przemysł chemiczny
  • 9.2. Wykorzystanie drobnoustrojów w rolnictwie
    • 9.2.1. Mikrobiologiczne środki ochrony roślin
    • 9.2.2. Mikrobiologiczna stymulacja wzrostu i plonowania roślin
  • 9.3. Zastosowanie mikroorganizmów w ochronie środowiska
    • 9.3.1. Bioremediacja
    • 9.3.2. Technologie oczyszczania ścieków
    • 9.3.3. Zagospodarowanie odpadów organicznych do produkcji biopaliw i bioenergii
• 10. Metody stosowane w mikrobiologii
  • 10.1. Metody hodowlane
    • 10.1.1. Pożywki mikrobiologiczne
    • 10.1.2. Sterylizacja
    • 10.1.3. Metody posiewu mikroorganizmów na podłoża i inkubacji hodowli
    • 10.1.4. Metody izolowania czystych kultur i określania liczebności mikroorganizmów
    • 10.1.5. Klasyczne metody pracy z bakteriofagami
    • 10.1.6. Metody przechowywania mikroorganizmów i bakteriofagów
  • 10.2. Metody mikroskopowe
    • 10.2.1. Ogólne wprowadzenie do obrazowania w mikroskopie optycznym
    • 10.2.2. Techniki obserwacji stosowane w mikroskopii optycznej
    • 10.2.3. Wykorzystanie klasycznej mikroskopii optycznej w mikrobiologii
    • 10.2.4. Wykorzystanie mikroskopu epifluorescencyjnego i konfokalnego w badaniach prokariotów
    • 10.2.5. Mikroskopia elektronowa zastosowanie w mikrobiologii
  • 10.3. Metody molekularne
    • 10.3.1. Genomika metody sekwencjonowania DNA
    • 10.3.2. Metagenomika
    • 10.3.3. Transkryptomika, proteomika i metabolomika
• Polecana literatura i strony internetowe
• Addendum 1
• Addendum 2
• Przypisy

pokaż cały spis treści

ukryj recenzje