Podobnie jak w ,,Sklepach cynamonowych", głównym bohaterem i jednocześnie narratorem ,,Sanatorium pod klepsydrą" jest Józef, noszący wyraźne podobieństwo do samego autora. Centrum świata Józefa, dojrzewającego nastoletniego chłopca, stanowi małe prowincjonalne miasteczko, w którym można dostrzec współczesny Schulzowi, galicyjski Drohobycz.
Rzeczywi