Chemia medyczna Patrick Graham

Spis treści książki

• Okładka
• Strona tytułowa
• Strona redakcyjna
• Przedmowa
• Podziękowania
• Spis treści
  • 1. Leki i ich działanie
    • 1.1. Co to jest lek?
    • 1.2. Miejsce działania leku
      • 1.2.1. Budowa komórki
      • 1.2.2. Miejsca działania leków na poziomie molekularnym
    • 1.3. Siły wiązania międzycząsteczkowego
      • 11.3.1. Wiązania elektrostatyczne lub jonowe
      • 1.3.2. Wiązania wodorowe
      • 1.3.3. Siły/oddziaływania van der Waalsa
      • 1.3.4. Oddziaływania dipoldipol i jondipol
      • 1.3.5. Siły odpychające
      • 1.3.6. Rola wody i oddziaływań hydrofobowych
    • 1.4. Leki a zagadnienia farmakokinetyczne
    • 1.5. Klasyfikacja leków
    • 1.6. Nazewnictwo leków (Nazewnictwo produktów leczniczych)
• CZĘŚĆ A
  • 2. Struktura i funkcja białek
    • 2.1. Pierwszorzędowa struktura białka
    • 2.2. Drugorzędowa struktura białek
      • 2.2.1. -Helisa (helisa alfa)
      • 2.2.2. -Harmonijka ( pofałdowana kartka)
      • 2.2.3. -Zakręt
    • 2.3. Trzeciorzędowa struktura białek
      • 2.3.1. Wiązania kowalencyjne: wiązania disiarczkowe
      • 2.3.2. Wiązania jonowe lub elektrostatyczne
      • 2.3.3. Wiązania wodorowe
      • 2.3.4. Oddziaływania van der Waalsa i hydrofobowe
      • 2.3.5. Hierarchia znaczenia oddziaływań wiążących
      • 2.3.6. Rola płaskiego wiązania peptydowego
    • 2.4. Czwartorzędowa struktura białek
    • 2.5. Translacyjne i potranslacyjne modyfikacje białek
    • 2.6. Proteomika
    • 2.7. Funkcja białka
      • 2.7.1. Białka strukturalne
      • 2.7.2. Białka transportujące
      • 2.7.3. Enzymy i receptory
      • 2.7.4. Różne białka i interakcje białkobiałko
  • 3. Enzymy: struktura i funkcja
    • 3.1. Enzymy jako katalizatory
    • 3.2. W jaki sposób enzymy katalizują reakcje?
    • 3.3. Miejsce aktywne enzymu
    • 3.4. Wiązanie substratu w miejscu aktywnym
    • 3.5. Katalityczna rola enzymów
      • 3.5.1. Oddziaływania wiążące
      • 3.5.2. Kataliza kwasowo-zasadowa
      • 3.5.3. Grupy nukleofilowe
      • 3.5.4. Stabilizacja stanu przejściowego
      • 3.5.5. Kofaktory
      • 3.5.6. Nazewnictwo i klasyfikacja enzymów
      • 3.5.7. Polimorfizm genetyczny i enzymy
    • 3.6. Regulacja enzymów
    • 3.7. Izoenzymy
    • 3.8. Kinetyka enzymatyczna
      • 3.8.1. Równanie MichaelisaMenten
      • 3.8.2. Wykresy LineweaveraBurka
  • 4. Receptory: budowa i funkcja
    • 4.1. Rola receptora
    • 4.2. Neuroprzekaźniki i hormony
    • 4.3. Typy i podtypy receptorów
    • 4.4. Aktywacja receptora
    • 4.5. Jak zmienia się kształt miejsca wiążącego?
    • 4.6. Receptory kanału jonowego
      • 4.6.1. Zasady ogólne
      • 4.6.2. Struktura kanałów jonowych
      • 4.6.3. Bramkowanie
      • 4.6.4. Kanały jonowe bramkowane ligandem i napięciem
    • 4.7. Receptory sprzężone z białkiem G
      • 4.7.1. Wiadomości ogólne
      • 4.7.2. Struktura
      • 4.7.3. Rodzina receptorów rodopsynopodobnych sprzężonych z białkiem G
      • 4.7.4. Dimeryzacja receptorów sprzężonych z białkim G
    • 4.8. Receptory związane z kinazą
      • 4.8.1. Wiadomości ogólne
      • 4.8.2. Struktura receptorów kinazy tyrozynowej
      • 4.8.3. Mechanizm aktywacji receptorów kinazy tyrozynowej
      • 4.8.4. Receptory kinazy tyrozynowej jako cel działania nowych leków
    • 4.9. Receptory wewnątrzkomórkowe
    • 4.10. Regulacja aktywności receptora
    • 4.11. Polimorfizm genetyczny a receptory
  • 5. Receptory i transdukcja sygnału
    • 5.1. Szlaki transdukcji sygnału dla receptorów sprzężonych z białkiem G
      • 5.1.1. Interakcja kompleksu receptorligand z białkami G
      • 5.1.2. Szlaki przekaźnictwa sygnału z udziałem podjednostki
    • 5.2 Szlaki przekaźnictwa sygnału z udziałem białek G i cyklazy adenylanowej
      • 5.2.1. Aktywacja cyklazy adenylanowej przez podjednostkę s
      • 5.2.2. Aktywacja kinazy białkowej A
      • 5.2.3. Białko Gi
      • 5.2.4. Charakterystyczne cechy kaskady sygnałowej, w której bierze udział cykliczny AMP
      • 5.2.5. Rola dimeru
      • 5.2.6. Fosforylacja
    • 5.3. Przekaźnictwo sygnału z udziałem białek G i fosfolipazy C
      • 5.3.1. Wpływ białka G na fosfolipazę C
      • 5.3.2. Działanie pomocniczego przekaźnika: diacyloglicerolu
      • 5.3.3. Działanie wtórnego przekaźnika informacji: trifosforanu inozytolu
      • 5.3.4. Resynteza difosforanu fosfatydyloinozytolu
    • 5.4. Przekaźnictwo sygnału z udziałem receptorów kinaz
      • 5.4.1. Aktywacja białek sygnałowych i enzymów
      • 5.4.2. Szlak przekazywania sygnału MAPK
      • 5.4.3. Aktywacja cyklazy guanylanowej przez receptory kinazy
      • 5.4.4. Szlak przekazywania sygnału JAK-STAT
      • 5.4.5. Szlak przekazywania sygnału PI3K / Akt / mTOR
    • 5.5. Ścieżka sygnałowa hedgehog
  • 6. Kwasy nukleinowe: struktura i funkcja
    • 6.1. Struktura DNA
      • 6.1.1. Pierwszorzędowa struktura DNA
      • 6.1.2. Struktura drugorzędowa DNA
      • 6.1.3. Struktura trzeciorzędowa DNA
      • 6.1.4. Chromatyny
      • 6.1.5. Polimorfizm genetyczny a medycyna spersonalizowana
    • 6.2. Synteza kwasu rybonukleinowego i białka
      • 6.2.1. Struktura RNA
      • 6.2.2. Transkrypcja i translacja
      • 6.2.3. Mały jądrowy RNA
      • 6.2.4. Regulacyjna rola RNA
    • 6.3. Choroby genetyczne
    • 6.4. Biologia molekularna i inżynieria genetyczna
• CZĘŚĆ B
  • 7. Enzymy jako cel działania leków
    • 7.1. Inhibitory działające w miejscu aktywnym enzymu
      • 7.1.1. Odwracalne inhibitory
      • 7.1.2. Inhibitory nieodwracalne
    • 7.2. Inhibitory allosteryczne
    • 7.3. Inhibitory akompetycyjne i niekompetycyjne
    • 7.4. Analogi stanu przejściowego: inhibitory reniny
    • 7.5. Substraty samobójcze
    • 7.6. Selektywność inhibitorów izozymu
    • 7.7. Zastosowania lecznicze inhibitorów enzymów
      • 7.7.1. Inhibitory enzymów stosowane przeciwko mikroorganizmom
      • 7.7.2. Inhibitory enzymów stosowane przeciwko wirusom
      • 7.7.3. Inhibitory stosowane przeciwko własnym enzymom organizmu
      • 7.7.4. Modulatory enzymatyczne
    • 7.8. Kinetyka enzymatyczna
      • 7.8.1. Wykresy LineweaveraBurka
      • 7.8.2. Porównanie inhibitorów
  • 8. Receptory jako cel działania leków
    • 8.1. Wprowadzenie
    • 8.2. Projektowanie agonistów
      • 8.2.1. Grupy wiążące
      • 8.2.2. Położenie grup wiążących
      • 8.2.3. Rozmiar i kształt
      • 8.2.4. Inne strategie projektowania
      • 8.2.5. Farmakodynamika i farmakokinetyka
      • 8.2.6. Przykłady agonistów
      • 8.2.7. Modulatory allosteryczne
    • 8.3. Projektowanie antagonistów
      • 8.3.1. Antagoniści działający w miejscu wiążącym
      • 8.3.2. Antagoniści działający poza miejscem wiązania
    • 8.4. Częściowi agoniści
    • 8.5. Odwrotni agoniści
    • 8.6. Odwrażliwienie i uwrażliwienie receptora
    • 8.7. Tolerancja i uzależnienie
    • 8.8. Typy i podtypy receptorów
    • 8.9. Powinowactwo, skuteczność i siła działania
  • 9. Kwasy nukleinowe jako cele działania leku
    • 9.1. Interkalatory działające na DNA
    • 9.2. Nieinterkalujące trucizny topoizomerazy
    • 9.3. Środki alkilujące i metalizujące
      • 9.3.1. Iperyty azotowe
      • 9.3.2. Pochodne nitrozomocznika
      • 9.3.3. Busulfan
      • 9.3.4. Cisplatyna
      • 9.3.5. Dakarbazyna i prokarbazyna
      • 9.3.6. Mitomycyna C
    • 9.4. Leki działające przez cięcie łańcucha
    • 9.5. Terminatory łańcucha
    • 9.6. Kontrola transkrypcji genów
    • 9.7. Środki działające na RNA
      • 9.7.1. Czynniki wiążące się z rybosomami
      • 9.7.2. Terapia antysensowa
  • 10. Różne cele działania leków
    • 10.1. Białka transportowe jako cele dla leków
    • 10.2. Białka strukturalne jako cele dla leków
      • 10.2.1. Wirusowe białka strukturalne jako cele działania leków
      • 10.2.2. Tubulina jako cel działania leków
    • 10.3. Biosyntetyczne elementy budulcowe jako cele działania leków
    • 10.4. Procesy biosyntetyczne jako cele działania leków: leki powodujące przedwczesne zakończenie łańcucha podczas translacji (chain terminators)
    • 10.5. Interakcje białkobiałko
    • 10.6. Lipidy jako cel działania leków
      • 10.6.1. Cząsteczki tunelujące
      • 10.6.2. Nośniki jonów
      • 10.6.3. Łańcuchy i kotwice
    • 10.7. Węglowodany jako cel działania leków
      • 10.7.1. Glikomika
      • 10.7.2. Antygeny i przeciwciała
      • 10.7.3. Cykodekstryny
  • 11. Farmakokinetyka i zagadnienia pokrewne
    • 11.1. Trzy fazy działania leku
    • 11.2. Typowa droga leków podawanych doustnie
    • 11.3. Absorpcja leku
    • 11.4. Dystrybucja leku
      • 11.4.1. Dystrybucja poprzez układ krwionośny
      • 11.4.2. Dystrybucja do tkanek
      • 11.4.3. Dystrybucja leku do komórek
      • 11.4.4. Inne czynniki wpływające na dystrybucję
      • 11.4.5. Bariera krew-mózg
      • 11.4.6. Bariera łożyska
      • 11.4.7. Interakcje lek-lek
    • 11.5. Metabolizm leków
      • 11.5.1. I i II faza metabolizmu
      • 11.5.2. Przemiany I fazy katalizowane przez enzymy cytochromu P450
      • 11.5.3. Przemiany I fazy katalizowane przez monooksygenazy flawinowe
      • 11.5.4. Przemiany I fazy katalizowane przez inne enzymy
      • 11.5.5. Przemiany II fazy
      • 11.5.6. Stabilność metaboliczna
      • 11.5.7. Efekt pierwszego przejścia
    • 11.6. Wydalanie leku
    • 11.7. Drogi podawania leków
      • 11.7.1. Podanie doustne
      • 11.7.2. Absorpcja przez błony śluzowe
      • 11.7.3. Podanie doodbytnicze
      • 11.7.4. Podanie miejscowe
      • 11.7.5. Inhalacje
      • 11.7.6. Iniekcje
      • 11.7.7. Implanty
    • 11.8. Dawkowanie leków
      • 11.8.1. Okres półtrwania leku
      • 11.8.2. Stężenie stacjonarne leku
      • 11.8.3. Tolerancja na lek
      • 11.8.4. Biodostępność
    • 11.9. Formulacja
    • 11.10. Dostarczanie leków
  • ANALIZA PRZYPADKU 1 - Statyny
    • AP1.1. Cholesterol i choroba wieńcowa serca
    • AP1.2. Docelowe enzymy
    • AP1.3. Odkrycie statyn
      • AP1.3.1. Statyny typu I
      • AP1.3.2. Statyny II generacji
    • AP1.4. Mechanizm działania statyn: farmakodynamika
    • AP1.5. Oddziaływania wiążące statyn
    • AP1.6. Inne mechanizmy działania statyn
    • AP1.7. Inne miejsca działania leków obniżających poziom cholesterolu
• CZĘŚĆ C
  • 12. Poszukiwanie leków: odkrycie struktury wiodącej
    • 12.1. Wybór choroby
    • 12.2. Wybór miejsca działania leku
      • 12.2.1. Miejsca działania leku
      • 12.2.2. Odkrywanie miejsc działania leków
      • 12.2.3. Międzygatunkowa specyficzność i selektywność miejsc działania leków
      • 12.2.4. Specyficzność i selektywność miejsca działania leku w organizmie
      • 12.2.5. Powinowactwo leków do specyficznych narządów i tkanek
      • 12.2.6. Pułapki
      • 12.2.7. Leki aktywne wobec kilku miejsc działania
    • 12.3. Określenie testu biologicznego
      • 12.3.1. Wybór testu biologicznego
      • 12.3.2. Testy in vitro
      • 12.3.3. Testy in vivo
      • 12.3.4. Walidacja testu
      • 12.3.5. Wysokowydajne badania przesiewowe (HTS)
      • 12.3.6. Badania przesiewowe z wykorzystaniem NMR
      • 12.3.7. Badania przesiewowe powinowactwa
      • 12.3.8. Powierzchniowy rezonans plazmonowy
      • 12.3.9. Zbliżeniowy test scyntylacyjny
      • 12.3.10. Izotermiczna kalorymetria miareczkowa
      • 12.3.11. Wirtualne badania przesiewowe
    • 12.4. Poszukiwanie struktury wiodącej
      • 12.4.1. Przegląd związków naturalnych
      • 12.4.2. Medycyna ludowa
      • 12.4.3. Przegląd związków syntetycznych
      • 12.4.4. Uznane leki
      • 12.4.5. Naturalne ligandy lub modulatory w projektowaniu leków
      • 12.4.6. Synteza kombinatoryczna i równoległa
      • 12.4.7. Projektowanie struktury wiodącej wspomagane komputerowo
      • 12.4.8. Przypadkowość i bystry umysł
      • 12.4.9. Komputerowe banki danych strukturalnych
      • 12.4.10. Odkrycie fragmentów struktury wiodącej
      • 12.4.11. Właściwości struktur wiodących
    • 12.5. Izolowanie i oczyszczanie
    • 12.6. Określanie struktury
    • 12.7. Leki roślinne
  • 13. Projektowanie leku: optymalizacja zamierzonych oddziaływań
    • 13.1. Zależność budowa chemiczna-działanie
      • 13.1.1. Rola grupy alkoholowej i fenolowej w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.2. Rola pierścieni aromatycznych w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.3. Rola alkenów w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.4. Rola grupy ketonowej i aldehydowej w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.5. Rola grupy aminowej w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.6. Rola ugrupowania amidowego w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.7. Rola czwartorzędowych soli amoniowych w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.8. Rola kwasów karboksylowych w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.9. Rola ugrupowania estrowego w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.10. Rola halogenków alkilowych i arylowych w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.11. Rola grupy tiolowej i eterowej w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.12. Rola innych grup funkcyjnych w wiązaniu z miejscem działania
      • 13.1.13. Rola grup alkilowych i szkieletu węglowego w wiązaniu z miejscem wiązania
      • 13.1.14. Rola heterocykli w wiązaniu z miejscem wiązania
      • 13.1.15. Izostery
      • 13.1.16. Procedury badania
      • 13.1.17. SAR w optymalizacji leków
    • 13.2. Identyfikacja farmakoforu
    • 13.3. Optymalizacja leku: strategie w projektowaniu leków
      • 13.3.1. Zmienność podstawników
      • 13.3.2. Powiększanie cząsteczki
      • 13.3.3. Wydłużanie / skracanie łańcucha
      • 13.3.4. Powiększanie lub zmniejszanie pierścienia
      • 13.3.5. Wymiana pierścieni
      • 13.3.6. Łączenie/kondensacja pierścieni
      • 13.3.7. Izostery i bioizostery
      • 13.3.8. Upraszczanie struktury
      • 13.3.9. Usztywnianie cząsteczki
      • 13.3.10. Blokery konformacyjne
      • 13.3.11. Projektowanie i modelowanie molekularne leków oparte na strukturze
      • 13.3.12. Projektowanie leków za pomocą spektroskopii NMR
      • 13.3.13. Rola przypadku i kreatywności
      • 13.3.14. Projektowanie leków oddziałujących z więcej niż jednym miejscem działania
  • 14. Projektowanie leków: optymalizacja dostępu do celu
    • 14.1. Optymalizacja właściwości hydrofilowych/hydrofobowych
      • 14.1.1. Maskowanie polarnych grup funkcyjnych w celu zmniejszenia polarności
      • 14.1.2. Dodawanie lub usuwanie polarnych grup funkcyjnych w celu zmiany polarności
      • 14.1.3. Różnicowanie podstawników hydrofobowych w celu zmiany polarności
      • 14.1.4. Wpływ podstawników N-alkilowych na zmiany pKa
      • 14.1.5. Wpływ podstawników aromatycznych na zmiany pKa
      • 14.1.6. Bioizostery dla grup polarnych
    • 14.2. Projektowanie leków odpornych na rozkład chemiczny i enzymatyczny
      • 14.2.1. Przeszkody steryczne
      • 14.2.2. Efekty elektronowe bioizosterów
      • 14.2.3. Modyfikacje steryczne i elektronowe
      • 14.2.4. Blokery metaboliczne
      • 14.2.5. Usunięcie lub zastąpienie wrażliwych grup metabolicznych
      • 14.2.6. Zmiana położenia podstawników
      • 14.2.7. Zamiana pierścienia i podstawników w pierścieniu
    • 14.3. Otrzymywanie leków mniej odpornych na metabolizm
      • 14.3.1. Wprowadzenie grup podatnych na metabolizm
      • 14.3.2. Leki samodestrukcyjne
    • 14.4. Projektowanie leków
      • 14.4.1. Leki ukierunkowane na komórki nowotworowe: leki szukaj i niszcz
      • 14.4.2. Leki ukierunkowane na infekcje przewodu pokarmowego
      • 14.4.3. Leki ukierunkowane na obwodowy układ nerwowy bez wpływu na ośrodkowy układ nerwowy
      • 14.4.4. Wiązanie leku ze strukturami błonowymi
    • 14.5. Zmniejszenie toksyczności
    • 14.6. Proleki
      • 14.6.1. Proleki zwiększające przepuszczalność przez błony
      • 14.6.2. Proleki przedłużające działanie leku
      • 14.6.3. Proleki maskujące toksyczność leku i działania uboczne
      • 14.6.4. Proleki zmniejszające rozpuszczalność w wodzie
      • 14.6.5. Proleki zwiększające rozpuszczalność w wodzie
      • 14.6.6. Proleki działające w określonym miejscu docelowym
      • 14.6.7. Proleki zwiększające trwałość chemiczną
      • 14.6.8. Proleki aktywowane przez czynniki zewnętrzne (leki utajone)
    • 14.7. Synergizm działania leków
      • 14.7.1. Leki wartownicy
      • 14.7.2. Ograniczenie obszaru działania leku
      • 14.7.3. Zwiększenie wchłaniania
    • 14.8. Związki endogenne jako leki
      • 14.8.1. Neuroprzekaźniki
      • 14.8.2. Naturalne hormony, peptydy i białka jako leki
      • 14.8.3. Przeciwciała jako leki
    • 14.9. Peptydy i peptydomimetyki w projektowaniu leków
      • 14.9.1. Peptydomimetyki
      • 14.9.2. Leki peptydowe
    • 14.10. Oligonukleotydy jako leki
  • 15. Wprowadzenie leku na rynek
    • 15.1. Badania przedkliniczne i kliniczne
      • 15.1.1. Badanie toksyczności
      • 15.1.2. Badania metabolizmu leków
      • 15.1.3. Badania farmakologiczne, formulacji i trwałości
      • 15.1.4. Badania kliniczne
    • 15.2. Zagadnienia patentowe i prawne
      • 15.2.1. Patenty
      • 15.2.2. Zagadnienia prawne
    • 15.3. Rozwój chemiczny i proces wytwarzania
      • 15.3.1. Rozwój chemiczny
      • 15.3.2. Rozwój procesu
      • 15.3.3. Wybór kandydata na lek
      • 15.3.4. Produkty naturalne
  • ANALIZA PRZYPADKU 2 - Projektowanie inhibitorów ACE
  • ANALIZA PRZYPADKU 3 - Artemizynina i pokrewne leki przeciwmalaryczne
  • ANALIZA PRZYPADKU 4 - Projektowanie oksamnichiny
• CZĘŚĆ D
  • 16. Synteza kombinatoryczna i równoległa
    • 16.1. Synteza kombinatoryczna i równoległa w projektach chemii medycznej
    • 16.2. Techniki syntezy na fazie stałej
      • 16.2.1. Synteza na nośniku
      • 16.2.2. Kotwica/łącznik
      • 16.2.3. Przykłady reakcji na fazie stałej
    • 16.3. Planowanie i projektowanie biblioteki związków
      • 16.3.1. Cząsteczka-pająk
      • 16.3.2. Cząsteczka lekopodobna
      • 16.3.3. Synteza centroidów
      • 16.3.4. Zmiany podstawników
      • 16.3.5. Projektowanie bibliotek związków w celu optymalizacji struktury wiodącej
      • 16.3.6. Biblioteki projektowane komputerowo
    • 16.4. Badanie aktywności
      • 16.4.1. Wysokowydajne badania przesiewowe
      • 16.4.2. Badanie związków wolnych i związanych z nośnikiem
    • 16.5. Synteza równoległa
      • 16.5.1. Ekstrakcja na fazie stałej
      • 16.5.2. Zastosowanie żywic w syntezie w roztworze organicznym
      • 16.5.3. Odczynniki dołączone do stałego nośnika: złap i uwolnij
      • 16.5.4. Technologia mikrofalowa
      • 16.5.5. Mikrociecze w syntezie równoległej
    • 16.6. Synteza kombinatoryczna
      • 16.6.1. Metoda mieszaj i dziel w syntezie kombinatorycznej
      • 16.6.2. Ustalenie struktury aktywnego związku (związków)
      • 16.6.3. Dynamiczna synteza kombinatoryczna
  • 17. Komputery w chemii medycznej
    • 17.1. Mechanika molekularna i kwantowa
      • 17.1.1. Mechanika molekularna
      • 17.1.2. Mechanika kwantowa
      • 17.1.3. Wybór metody
    • 17.2. Rysowanie związków chemicznych
    • 17.3. Struktury 3D
    • 17.4. Minimalizacja energii
    • 17.5. Podgląd trójwymiarowych cząsteczek
    • 17.6. Wymiary cząsteczki
    • 17.7. Właściwości cząsteczki
      • 17.7.1. Ładunki cząstkowe
      • 17.7.2. Cząsteczkowe potencjały elektrostatyczne
      • 17.7.3. Orbitale molekularne
      • 17.7.4. Przejścia spektroskopowe
      • 17.7.5. Stosowanie siatek w pomiarach właściwości cząsteczki
    • 17.8. Analiza konformacyjna
      • 17.8.1. Lokalne i globalne minima energetyczne
      • 17.8.2. Dynamika molekularna
      • 17.8.3. Stopniowa rotacja wokół wiązania
      • 17.8.4. Metody Monte Carlo i Metropolis
      • 17.8.5. Algorytmy genetyczne i ewolucyjne
    • 17.9. Porównywanie struktur i nakładanie
    • 17.10. Identyfikacja aktywnej konformacji
      • 17.10.1. Krystalografia rentgenowska
      • 17.10.2. Porównywanie ligandów usztywnionych i nieusztywnionych
    • 17.11. Identyfikacja trójwymiarowego (3D) farmakofora
      • 17.11.1. Badania krystalograficzne
      • 17.11.2. Porównanie struktury związków aktywnych
      • 17.11.3. Zautomatyzowane metody identyfikacji farmakoforów
    • 17.12. Proces dokowania
      • 17.12.1. Dokowanie ręczne
      • 17.12.2. Dokowanie automatyczne
      • 17.12.3. Definiowanie powierzchni molekularnej miejsca działania
      • 17.12.4. Sztywne dokowanie poprzez komplementarność kształtu
      • 17.12.5. Stosowanie siatek w programach dokowania
      • 17.12.6. Sztywne dokowanie przez dopasowanie wiązań wodorowych
      • 17.12.7. Sztywne dokowanie giętkich ligandów: program FLOG
      • 17.12.8. Dokowanie elastycznych ligandów: programy kotwica i wzrost (anchor and grow)
      • 17.12.9. Dokowanie elastycznego liganda: symulowane algorytmy wyżarzania i algorytmy genetyczne
    • 17.13. Automatyczny przegląd baz danych w poszukiwaniu struktury wiodącej i projektowaniu leków
    • 17.14. Odwzorowanie białek
      • 17.14.1. Budowanie modelu białka: budowanie homologii
      • 17.14.2. Budowanie miejsca wiążącego: hipotetyczne pseudoreceptory
    • 17.15. Projektowanie leków de novo
      • 17.15.1. Ogólne zasady projektowania leków de novo
      • 17.15.2. Zautomatyzowane projektowanie leków de novo
    • 17.16. Planowanie biblioteki związków
    • 17.17. Obsługa baz danych
  • 18. Ilościowa zależność między budową a działaniem (QSAR)
    • 18.1. Wykresy i równania
    • 18.2. Właściwości fizykochemiczne
      • 18.2.1. Hydrofobowość
      • 18.2.2. Efekty elektronowe
      • 18.2.3. Czynniki steryczne
      • 18.3.4. Inne parametry fizykochemiczne
    • 18.3. Równanie Hansha
    • 18.4. Wykres Craiga
    • 18.5. Schemat Toplissa
    • 18.6. Bioizostery
    • 18.7. Podejście Free-Willsona
    • 18.8. Planowanie badań QSAR
    • 18.9. Opis przypadku
    • 18.10. 3D QSAR
      • 18.10.1. Określenie pól sterycznych i elektrostatycznych
      • 18.10.2. Wpływ kształtu cząsteczki i rozkładu elektronów na aktywność biologiczną
      • 18.10.3. Zalety CoMFA w stosunku do tradycyjnej analizy QSAR
      • 18.10.4. Potencjalne problemy związane z CoMFA
      • 18.10.5. Inne metody 3D QSAR
      • 18.10.6. Opis przypadku: inhibitory polimeryzacji tubuliny
  • ANALIZA PRZYPADKU 5 - Projektowanie inhibitorów syntazy tymidylanowej
• CZĘŚĆ E
  • 19. Leki przeciwbakteryjne
    • 19.1. Historia środków przeciwbakteryjnych
    • 19.2. Komórka bakteryjna
    • 19.3. Mechanizmy działania przeciwbakteryjnego
    • 19.4. Środki przeciwbakteryjne zaburzające metabolizm komórkowy (antymetabolity)
      • 19.4.1. Sulfonamidy
      • 19.4.2. Przykłady innych antymetabolitów
    • 19.5. Środki przeciwbakteryjne hamujące syntezę ściany komórkowej
      • 19.5.1. Penicyliny
      • 19.5.2. Cefalosporyny
      • 19.5.3. Inne antybiotyki -laktamowe
      • 19.5.4. Inhibitory -laktamaz
      • 19.5.5. Inne leki działające na biosyntezę ściany komórki bakteryjnej
    • 19.6. Związki przeciwbakteryjne oddziałujące na strukturę błony cytoplazmatycznej
      • 19.6.1. Walinomycyna i gramicydyna A
      • 19.6.2. Polimyksyna B
      • 19.6.3. Zabójcze nanorurki
      • 19.6.4. Cykliczne lipopeptydy
    • 19.7. Środki przeciwbakteryjne zaburzające syntezę białek: translacja
      • 19.7.1. Aminoglikozydy
      • 19.7.2. Tetracykliny
      • 19.7.3. Chloramfenikol
      • 19.7.4. Makrolidy
      • 19.7.5. Linkozamidy
      • 19.7.6. Streptograminy
      • 19.7.7. Oksazolidynony
      • 19.7.8. Pleuromutyliny
    • 19.8. Czynniki oddziałujące na transkrypcję i replikację kwasów nukleinowych
      • 19.8.1. Chinolony i fluorochinolony
      • 19.8.2. Aminoakrydyny
      • 19.8.3. Ryfamycyny
      • 19.8.4. Nitroimidazole i nitrofurantoina
      • 19.8.5. Inhibitory polimerazy RNA bakterii
    • 19.9. Inne związki
    • 19.10. Oporność na leki
      • 19.10.1. Oporność w wyniku mutacji
      • 19.10.2. Oporność lekowa poprzez transfer genetyczny
      • 19.10.3. Inne czynniki wpływające na oporność na leki
      • 19.10.4. Kierunki badań
  • 20. Leki przeciwwirusowe
    • 20.1. Wirusy i choroby wirusowe
    • 20.2. Budowa wirusów
    • 20.3. Cykl rozwojowy wirusów
    • 20.4. Szczepienie
    • 20.5. Leki przeciwwirusowe: zasady ogólne
    • 20.6. Leki przeciwwirusowe stosowane przeciw wirusom DNA
      • 20.6.1. Inhibitory wirusowej polimerazy DNA
      • 20.6.2. Inhibitory polimeryzacji tubulin
      • 20.6.3. Terapia antysensowa
    • 20.7. Leki przeciwwirusowe działające przeciw wirusom RNA: wirus ludzkiego niedoboru odporności
      • 20.7.1. Budowa i cykl rozwojowy HIV
      • 20.7.2. Terapia przeciwwirusowa HIV
      • 20.7.3. Inhibitory wirusowej odwrotnej transkryptazy
      • 20.7.4. Inhibitory proteazy
      • 20.7.4.4. Rytonawir i lopinawir
      • 20.7.5. Inhibitory innych celów
    • 20.8. Leki przeciwwirusowe działające przeciw wirusom RNA: wirus grypy
      • 20.8.1. Budowa i cykl rozwojowy wirusa grypy
      • 20.8.2. Zaburzenie czynności kanałów jonowych: adamantany
      • 20.8.3. Inhibitory neuraminidazy
    • 20.9. Leki przeciwwirusowe działające przeciw wirusom RNA: wirus przeziębienia
    • 20.10. Leki przeciwwirusowe działające przeciw wirusom RNA: zapalenie wątroby typu C
      • 20.10.1. Inhibitory proteazy HCV NS3-4A
      • 20.10.2. Inhibitory HCV NS5B RNA-zależnej polimerazy RNA
      • 20.10.3. Inhibitory białka HCV NS5A
      • 20.10.4. Inne cele
    • 20.11. Leki o szerokim spektrum działania przeciwwirusowego
      • 20.11.1. Leki hamujące syntetazę trifosforanu cytydyny
      • 20.11.2. Leki hamujące hydrolazę S-adenozylohomocysteiny
      • 20.11.3. Rybawiryna
      • 20.11.4. Interferony
      • 20.11.5. Przeciwciała i rybozymy
    • 20.12. Bioterroryzm i ospa
  • 21. Leki przeciwnowotworowe
    • 21.1. Rak: wstęp
      • 21.1.1. Definicje
      • 21.1.2. Przyczyny raka
      • 21.1.3. Wady genetyczne prowadzące do raka: protoonkogeny i onkogeny
      • 21.1.4. Nieprawidłowe szlaki sygnałowe
      • 21.1.5. Niewrażliwość na sygnały hamujące wzrost
      • 21.1.6. Nieprawidłowości w regulacji cyklu komórkowego
      • 21.1.7. Apoptoza i białko p53
      • 21.1.8. Telomery
      • 21.1.9. Angiogeneza
      • 21.1.10. Inwazja tkanek i przerzuty
      • 21.1.11. Leczenie nowotworów
      • 21.1.12. Oporność
    • 21.2. Leki działające bezpośrednio na kwasy nukleinowe
      • 21.2.1. Czynniki interkalujące
      • 21.2.2. Środki nieinterkalujące hamujące działanie topoizomeraz na DNA
      • 21.2.3. Środki alkilujące i związki kompleksowe metali
      • 21.2.4. Środki tnące łańcuchy DNA
      • 21.2.5. Terapia antysensowa
    • 21.3. Leki działające na enzymy: antymetabolity
      • 21.3.1. Inhibitory reduktazy dihydrofolianowej
      • 21.3.2. Inhibitory syntazy tymidylanowej
      • 21.3.3. Inhibitory reduktazy rybonukleotydowej
      • 21.3.4. Inhibitory deaminazy adenozyny
      • 21.3.5. Inhibitory polimeraz DNA
      • 21.3.6. Antagoniści puryn
    • 21.4. Hormonoterapia
      • 21.4.1. Glikokortykoidy, estrogeny, progestyny i androgeny
      • 21.4.2. Agoniści i antagoniści receptora hormonu uwalniającego hormon luteinizujący
      • 21.4.3. Antyestrogeny
      • 21.4.4. Antyandrogeny
      • 21.4.5. Inhibitory aromatazy
    • 21.5. Leki działające na białka strukturalne
      • 21.5.1. Środki hamujące polimeryzację tubuliny
      • 21.5.2. Środki hamujące depolimeryzację tubuliny
    • 21.6. Inhibitory szlaków sygnałowych
      • 21.6.1. Hamowanie farnezylotransferazy i białka Ras
      • 21.6.2. Inhibitory kinazy białkowej
      • 21.6.3. Antagoniści receptora szlaku sygnałowego hedgehog
    • 21.7. Inhibitory różnych enzymów
      • 21.7.1. Inhibitory metaloproteinazy macierzy
      • 21.7.2. Inhibitory proteasomu
      • 21.7.3. Inhibitory deacetylazy histonu
      • 21.7.4. Inhibitory polimerazy poli-ADP rybozy
      • 21.7.5. Inne cele enzymów
    • 21.8. Środki wpływające na apoptozę
    • 21.9. Różne środki przeciwnowotworowe
      • 21.9.1. Środki syntetyczne
      • 21.9.2. Produkty naturalne
      • 21.9.3. Terapia białkowa
      • 21.9.4. Modulacja oddziaływań czynnik transkrypcjikoaktywator
    • 21.10. Przeciwciała, koniugaty przeciwciał i terapia genowa
      • 21.10.1. Przeciwciała monoklonalne
      • 21.10.2. Koniugaty przeciwciało-lek
      • 21.10.3. Terapia prolekiem ukierunkowana przez kompleks przeciwciało-enzym (ADEPT)
      • 21.10.4. Terapia prolekiem ukierunkowana przez przeciwciało-abzym (ADAPT)
      • 21.10.5. Terapia prolekiem ukierunkowana genem enzymu (GDEPT)
      • 21.10.6. Inne formy terapii genowej
    • 21.11. Terapia fotodynamiczna
    • 21.12. Terapia wirusowa
  • 22. Leki cholinergiczne, antycholinergiczne i inhibitory acetylocholinoesterazy
    • 22.1. Obwodowy układ nerwowy
    • 22.2. Nerwy ruchowe obwodowego układu nerwowego
      • 22.2.1. Somatyczny motoryczny układ nerwowy
      • 22.2.2. Autonomiczny motoryczny układ nerwowy
      • Układ nerwowy przewodu pokarmowego (GI)[*]
      • 22.2.4. Zaburzenia przekaźnictwa w neuronach motorycznych
    • 22.3. Układ cholinergiczny
      • 22.3.1. Cholinergiczny system sygnałowy
      • 22.3.2. Presynaptyczne układy kontrolne
      • Neuroprzekaźniki białkowe[**]
    • 22.4. Agoniści receptorów cholinergicznych
    • 22.5. Acetylocholina struktura, SAR i wiązanie się z receptorem
    • 22.6. Nietrwałość acetylocholiny
    • 22.7. Projektowanie analogów acetylocholiny
      • 22.7.1. Zawada przestrzenna
      • 22.7.2. Efekty elektronowe
      • 22.7.3. Połączone efekty steryczne i elektronowe
    • 22.8. Zastosowanie kliniczne agonistów cholinergicznych
      • 22.8.1. Agoniści muskarynowi
      • 22.8.2. Agoniści nikotynowi
    • 22.9. Antagoniści muskarynowych receptorów cholinergicznych
      • 22.9.1. Działanie i zastosowanie antagonistów muskarynowych
      • 22.9.2. Antagoniści muskarynowi
    • 22.10. Antagoniści nikotynowych receptorów cholinergicznych
      • 22.10.1. Zastosowanie antagonistów receptorów nikotynowych
      • 22.10.2. Antagoniści nikotynowi
    • 22.11. Struktury receptorów
    • 22.12. Inhibitory acetylocholinoesterazy i acetylocholinoesteraza
      • 22.12.1. Działanie inhibitorów acetylocholinoesterazy
      • 22.12.2. Struktura enzymu acetylocholinoesterazy
      • 22.12.3. Miejsce aktywne acetylocholinoesterazy
    • 22.13. Inhibitory acetylocholinoesterazy
      • 22.13.1. Karbaminiany
      • 22.13.2. Związki fosforoorganiczne
    • 22.14. Pralidoksym antidotum przeciw związkom fosforoorganicznym
    • 22.15. Inhibitory acetylocholinoesterazy jako inteligentne leki
      • 22.15.1. Inhibitory acetylocholinoesterazy
      • 22.15.2. Związki dwufunkcyjne działające na acetylocholinoesterazę (Podwójne inhibitory acetylocholinoesterazy)
      • 22.15.3. Związki wielofunkcyjne działające na acetylocholinoesterazę oraz receptory muskarynowe M2
  • 23. Leki działające na adrenergiczny układ nerwowy
    • 23.1. Adrenergiczny układ nerwowy
      • 23.1.1. Obwodowy układ nerwowy
      • 22.1.2. Ośrodkowy układ nerwowy
    • 23.2. Receptory adrenergiczne
      • 23.2.1. Typy receptorów adrenergicznych
      • 23.2.2. Rozmieszczenie receptorów w organizmie
    • 23.3. Endogenni agoniści receptorów adrenergicznych
    • 23.4. Biosynteza amin katecholowych
    • 23.5. Metabolizm katecholoamin
    • 23.6. Przewodnictwo nerwowe (neurotransmisja)
      • 23.6.1. Proces przewodnictwa nerwowego
      • 23.6.2. Neuroprzekaźniki białkowe (neuromodulatory)*
      • 23.6.3. Receptory presynaptyczne i kontrola
    • 23.7. Miejsca działania leków
    • 23.8. Adrenergiczne miejsca wiążące
    • 23.9. Zależność strukturaaktywność
      • 23.9.1. Ważne grupy wiążące katecholoamin
      • 23.9.2. Selektywność -adrenoreceptorów a selektywność -adrenoreceptorów
    • 23.10. Agoniści adrenergiczni
      • 23.10.1. Ogólni agoniści receptorów adrenergicznych
      • 23.10.2. Agoniści 1-, 2-, 1- i 3-receptorów
      • 23.10.3. 2-Agoniści i leczenie astmy
    • 23.11. Antagoniści receptora adrenergicznego
      • 23.11.1. - i -blokery
      • 23.11.2. -blokery
      • 23.11.3. -Blokery jako leki sercowo-naczyniowe
    • 23.12. Inne leki działające na przewodnictwo adrenergiczne
      • 23.12.1. Leki wpływające na biosyntezę leków adrenergicznych
      • 23.12.2. Leki hamujące wychwytywanie noradrenaliny do pęcherzyków magazynowych
      • 23.12.3. Uwalnianie noradrenaliny z pęcherzyków magazynowych
      • 23.12.4. Inhibitory wychwytu zwrotnego noradrenaliny do neuronów presynaptycznych
      • 23.12.5. Hamowanie enzymów metabolicznych
  • 24. Narkotyczne leki przeciwbólowe
    • 24.1. Historia opium
    • 24.2. Składnik czynny: morfina
      • 24.2.1. Wyodrębnienie morfiny
      • 24.2.2. Budowa i właściwości
    • 24.3. Zależność strukturadziałanie
    • 24.4. Cel molekularny morfiny: receptory opioidowe
    • 24.5. Morfina: farmakodynamika i farmakokinetyka
    • 24.6. Analogi morfiny
      • 24.6.1. Zmiana podstawników
      • 24.6.2. Powiększenie cząsteczki leku
      • 24.6.3. Uproszczenie struktury lub fragmentacja leku
      • 24.6.4. Usztywnienie struktury
    • 24.7. Agoniści i antagoniści
    • 24.8. Endogenne peptydy opioidowe i opioidy
      • 24.8.1. Endogenne peptydy opioidowe
      • 24.8.2. Analogi enkefalin i -selektywnych opioidów
      • 24.8.3. Teorie wiążące enkefalin
      • 24.8.4. Inhibitory peptydaz
      • 24.8.5. Endogenna morfina
    • 24.9. Przyszłość
      • 24.9.1. Koncepcja wiadomość-adres
      • 24.9.2. Dimery receptorów
      • 24.9.3. Selektywni agoniści opioidowi a wielofunkcyjne opioidy
      • 24.9.4. Opioidy o działaniu obwodowym
    • 24.10. Studium przypadku: projektowanie nalfurafiny
  • 25. Związki przeciwwrzodowe
    • 25.1. Wrzody trawienne
      • 25.1.1. Definicja
      • 25.1.2. Przyczyny
      • 25.1.3. Leczenie
      • 25.1.4. Uwalnianie kwasu żołądkowego
    • 25.2. Antagoniści receptora H2
      • 25.2.1. Histamina i receptory histaminowe
      • 25.2.2. Poszukiwanie struktury wiodącej
      • 25.2.3. Opracowanie struktury wiodącej teoria chelatowania wiązania
      • 25.2.4. Od częściowego agonisty do antagonisty odkrycie burimamidu
      • 25.2.5. Odkrycie metiamidu
      • 25.2.6. Odkrycie cymetydyny
      • 25.2.7. Cymetydyna
      • 25.2.8. Dalsze badania analogów cymetydyny
      • 25.2.9. Kolejni antagoniści receptora H2
      • 25.2.11. Receptory H2 i jego antagoniści
    • 25.3. Inhibitory pompy protonowej
      • 25.3.1. Komórki okładzinowe i pompa protonowa
      • 25.3.2. Inhibitory pompy protonowej
      • 25.3.3. Mechanizm hamowania pompy protonowej
      • 25.3.4. Metabolizm inhibitorów pompy protonowej
      • 25.3.5. Projektowanie omeprazolu i esomeprazolu
      • 25.3.6. Inne inhibitory pompy protonowej
    • 25.4. Helicobacter pylori i leki przeciwbakteryjne
      • 25.4.1. Odkrycie Helicobacter pylori
      • 25.4.2. Leczenie
    • 25.5. Leki tradycyjne i ziołowe
  • 26. Leki układu krążenia
    • 26.1. Wprowadzenie
    • 26.2. Układ krążenia
    • 26.3. Leki hipotensyjne wpływające na aktywność układu RAA
      • 26.3.1. Wprowadzenie
      • 26.3.2. Inhibitory reniny
      • 26.3.3. Inhibitory konwertazy angiotensyny (ACE)
      • 26.3.4. Antagoniści receptora angiotensyny
      • 26.3.5. Antagoniści receptorów mineralokortykoidowych
      • 26.3.6. Leki o podwójnym działaniu
    • 26.4. Antagoniści receptorów dla endoteliny jako leki hipotensyjne
      • 26.4.1. Endoteliny i receptory endotelinowe
      • 26.4.2. Antagoniści receptorów endotelinowych
      • 26.4.3. Leki o podwójnym działaniu
    • 26.5. Leki rozszerzające naczynia
      • 26.5.1. Modulatory rozpuszczalnej cyklazy guanylanowej
      • 26.5.2. Inhibitory fosfodiesterazy 5
      • 26.5.3. Inhibitory neprylizyny
      • 26.5.4. Agoniści prostacykliny
      • 26.5.5. Pozostałe leki rozszerzające naczynia
    • 26.6. Blokery kanałów wapniowych
      • 26.6.1. Wprowadzenie
      • 26.6.2. Pochodne dihydropirydyny
      • 26.6.3. Fenyloalkiloaminy
      • 26.6.4. Benzotiazepiny
    • 26.7. Inhibitory kanałów jonowych If
    • 26.8. Leki hipolipemizujące
      • 26.8.1. Statyny
      • 26.8.2. Fibraty
      • 26.8.3. Podwójni i potrójni agoniści PPAR
      • 26.8.4. Leki antysensowe
      • 26.8.5. Inhibitory białek transferowych
      • 26.8.6. Przeciwciała jako leki hipolipemizujące
    • 26.9. Leki przeciwzakrzepowe
      • 26.9.1. Leki przeciwzakrzepowe (antykoagulanty)
      • 26.9.2. Leki przeciwpłytkowe
      • 26.9.3. Leki fibrynolityczne
  • ANALIZA PRZYPADKU 6 - Steroidowe leki przeciwzapalne
  • ANALIZA PRZYPADKU 7 - Aktualne badania nad lekami przeciwdepresyjnymi
  • ANALIZA PRZYPADKU 8 - Projektowanie i rozwój aliskirenu
  • ANALIZA PRZYPADKU 9 - Inhibitory czynnika Xa
  • ANALIZA PRZYPADKU 10 - Odwracalne inhibitory proteazy HCV NS3-A4
• Słowniczek
• Polecana literatura uzupełniająca
• Załącznik 1 - Niezbędne aminokwasy
• Załącznik 2 Standardowy kod genetyczny
• Załącznik 3 - Dane statystyczne do QSAR
• Załącznik 4 - Działanie włókien nerwowych
• Załącznik 5 - Mikroorganizmy
• Załącznik 6 - Oddziaływania za pomocą wiązań wodorowych
• Przypisy

pokaż cały spis treści

ukryj recenzje