Około 1898 r. Małkowscy przenieśli się do Warszawy. Przyczyn przeprowadzki było przynajmniej kilka: po pierwsze, Konstanty Małkowski nie mógł podołać trudom utrzymania domowych nauczycieli i chciał, aby dzieci uczyły się w szkołach, po drugie zaś, majątek rodziców Andrzeja został skonfiskowany za prowadzenie polskich nielegalnych szkółek wiejskich.
Rok 1898 jest dla biografii Małkowskiego ważny z innego jeszcze powodu, w tym bowiem czasie umarł jego ojciec Konstanty-junior, i młody Andrzej przeszedł pod opiekę swojego stryjecznego dziadka. W Warszawie Andrzej Małkowski uczęszczał do szkoły prywatnej Edwarda Rontalera, która co prawda nie posiadała uprawnień szkoły państwowej, ale za to uczniowie mieli w niej więcej swobody. Szkoła ta nie była lubiana przez Andrzeja, jego matka także nigdy nie zaaklimatyzowała się w Warszawie. Pragnęła ona zawsze zamieszkać w Galicji, w "polskim Piemoncie", z polskim szkolnictwem i prawami politycznymi dla Polaków. Rodzina Małkowskich przeniosła się więc do Krakowa na przełomie 1901 i 1902 r.
W Galicji opiekunowie najpierw wybrali dla Andrzeja Wyższą Szkołę Realną w Tarnowie. Jej zaletą był profil matematyczno-fizyczny, a ponadto nauka w niej kończyła się egzaminem maturalnym. W roku szkolnym 1902/1903 Małkowski rozpoczął naukę już w Krakowie, w V Gimnazjum im. Augusta Witkowskiego przy ulicy Świerczewskiego 12. Andrzej był w nauce niesystematyczny i nierówny, nie miał być może wówczas jeszcze sprecyzowanych zainteresowań, poza chęcią dokonania czegoś wielkiego na rzecz Polski, jak większość jego rówieśników. Krakowskiej szkoły Andrzej też nie ukończył - wystąpił z niej 16 grudnia 1905 r. Powodem tej decyzji był wyjazd do Królestwa, do Warszawy w celu organizowania strajku szkolnego. Na naukę do Krakowa już nie powrócił. W aktach istniejących wtedy krakowskich szkół średnich śladów Andrzeja Małkowskiego nie ma. Prawdopodobnie kontynuował edukację w klasie VI Szkoły Realnej (II Realne Gimnazjum) we Lwowie, gdzie wreszcie uzyskał świadectwo dojrzałości w 1907 r.
14 października 1908 r. miała miejsce jego immatrykulacja na Politechnice Lwowskiej. Andrzej został słuchaczem zwyczajnym Wydziału Budowy Maszyn. Studiował we Lwowie tylko dwa lata, 14 kwietnia 1910 r. przeniósł się bowiem na uniwersytet w Krakowie. Żadnej z wymienionych uczelni jednak nigdy nie ukończył, nie należał bowiem do gorliwych studentów. W jego dokumentacji studenckiej brakowało zawsze większości zaliczeń i ocen z egzaminów. Andrzejowi bez trudu przychodziła jedynie nauka języków obcych, żona Olga twierdziła, że znał ich aż osiem: rosyjski, angielski, francuski, niemiecki, grecki, włoski, łacinę i sanskryt.
Małkowski od najmłodszych lat przejawiał za to niewątpliwy talent organizatorski, "przeszkadzający" mu w systematycznej nauce, "utonął" po prostu w świecie młodzieżowych organizacji. Już jako gimnazjalista, na przełomie 1904 i 1905 r., wraz z Władysławem Zoufałem i Ludwikiem Słotwińskim założył w Krakowie stowarzyszenie abstynenckie "Młodzież", liczące około 300 uczniów. Członków obowiązywała praca nad sobą, nad charakterem, według myśli Mickiewicza, która stała się mottem życiowym Andrzeja: "O ile powiększycie i polepszycie dusze wasze, o tyle polepszycie i powiększycie granice wasze". Środkiem wiodącym do tego celu była ścisła abstynencja alkoholowa i tytoniowa jako codzienne ćwiczenie panowania nad swoimi słabościami. Warto dodać, że nie były to wówczas wartości powszechnie cenione.
W 1907 r., gdy Małkowski kończył wspominane już II Gimnazjum Realne we Lwowie, założył Kółko Wyzwolenia, liczące około setki ochotników deklarujących abstynencję. W ramach działalności Kółka Małkowski wygłaszał referaty antyalkoholowe i organizował spotkania z okazji przypadających rocznic narodowych. W tym też okresie wstąpił do Polskiej Partii Socjalno-Demokratycznej Galicji i Śląska Cieszyńskiego we Lwowie. Był to jedyny polityczny epizod w życiu Małkowskiego, jego działalność wśród socjalistów ograniczyła się do wypełnienia deklaracji członkowskiej.
Jako student Politechniki Lwowskiej Małkowski działał w Towarzystwie Gimnastycznym "Sokół", które propagowało kulturę fizyczną wśród młodych ludzi. W latach poprzedzających wybuch I wojny światowej "Sokół" zmienił nieco profil swej działalności i stał się ruchem o charakterze paramilitarnym, co w oczach studiującej młodzieży zostało odebrane jako zachęta do wstąpienia w szeregi "Sokoła". Małkowski był nawet instruktorem tego stowarzyszenia. Od 1908 r. pochłonęły go także Myśli o odrodzeniu narodowym Stanisława Prusa-Szczepanowskiego, idee mesjanizmu, narodu, działalność w abstynenckim stowarzyszeniu patriotyczno-religijnym "Eleusis" i filozofia ekscentryka Wincentego Lutosławskiego, pełna mistycyzmu i tajemniczych obrzędów.
We Lwowie kółkiem "Eleusis" kierował Tadeusz Strumiłło, przyszły Harcmistrz Rzeczypospolitej i przewodniczący Związku Harcerstwa Polskiego w odrodzonej Polsce. Dzięki abstynenckim wpływom eleuzyjskim Andrzej Małkowski był gorącym zwolennikiem zaprowadzenia wśród polskiej młodzieży całkowitej abstynencji od alkoholu i tytoniu. "Eleusis" dało też Andrzejowi możliwość zawarcia interesujących przyjaźni, Małkowski bowiem spotykał się na zebraniach kółka z innymi "braćmi", jak się wzajemnie nazywali: Jerzym Grodyńskim, Stanisławem Pigoniem, Ignacym Kozielewskim. Poznał także "siostry": Marię Szczepanowską-Jarecką, Jadwigę Falkowską, Emilię Czechowiczównę i swoją przyszłą żonę, Olgę Drahonowską.
"Edukacja pozauczelniana" Małkowskiego nie byłaby pełna, gdyby zabrakło w niej przygotowania wojskowego. Od 1909 r. Andrzej był członkiem "Zetu", tajnego Związku Młodzieży Polskiej, działającego we wszystkich trzech zaborach i odwołującego się do tradycji filomackich. Gdy w maju 1909 r. nastąpił rozłam w "Zecie" i wyodrębniła się z niego Organizacja Młodzieży Niepodległościowej Zarzewiackiej "Zarzewie", Małkowski został również jej członkiem. Jego przynależność do wielu stowarzyszeń nie była niczym szczególnym, ponieważ każda z opisywanych organizacji obierała sobie inny profil i aspekt działalności społecznej. Na uwagę może jedynie zasługiwać wyjątkowe zaangażowanie Andrzeja i jego nieprzejednana postawa w wielu sprawach, np. młodzieżowej abstynencji, której sam bezwzględnie przestrzegał.
[...]
